◎神宗二

二十五年春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。

二十六年春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。

二十七年春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。

冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。

二十八年春二月戊寅，京师地震。丙戌，李化龙帅师分八路进讨播州。夏六月丁丑，克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈庆宫成。丙子，罢朝鲜戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯辽东，副总兵解生等败没。冬十月辛未，贵州皮林苗叛，总兵官陈璘讨之。丙子，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月乙未，御午门，受播州俘。是年，两畿各省灾伤，民饥盗起，内外群臣交章请罢矿税诸监，皆不听。大西洋利玛窦进方物。

二十九年春正月壬子，以播州平，诏天下，蠲四川、贵州、湖广、云南加派田租逋赋，除官民诖误罪。是月，皮林苗贼平。二月甲戌，振大同、宣府饥。三月乙卯，赐张以诚等进士及第、出身有差。是月，武昌民变，杀税监陈奉参随六人，焚巡抚公署。夏四月乙酉，征陈奉还，以守备承天中官杜茂代之。五月，苏州民变，杀织造中官孙隆参随数人。六月，京师自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山东、山西、河南皆大旱。丁亥，法司请热审，不报。是夏，振畿内饥。秋九月壬寅，河决开封、归德。丁未，赵志皋卒。癸丑，振贵州饥。戊午，前礼部尚书沈鲤、朱赓并兼东阁大学士，预机务。冬十月己卯，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王。诏赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊号。十二月辛未，诏复朵颜马市。是年，琉球入贡。

三十年春正月己未，以四方灾异敕修省。二月己卯，不豫，召大学士沈一贯于启祥宫，命罢矿税，停织造，释逮击，复建言诸臣职。翼日，疾瘳，寝前诏。甲申，重建乾清、坤宁宫。闰月丙申，复河套诸部贡市。戊午，河州黄河竭。三月甲申，腾越民变，杀税监委官。夏四月辛丑，振顺天、永平饥。五月乙亥，法司请热审，不报。秋七月辛巳，边饷缺，命严催积逋。是月，缅贼陷蛮莫宣抚司，宣抚思正奔腾越，贼追至，有司杀正以谢贼，始解。冬十月戊戌，振江北灾。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入贡。

三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守阙员，不报。是月，播州余贼吴洪等作乱，有司讨平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，阁臣请热审，不报。戊寅，京师地震。凤阳大雨雹，毁皇陵殿脊。是夏，河决苏家庄，北浸丰、沛、鱼台、单县。秋九月甲子，江北盗起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州贼杨思敬作乱，有司讨擒之。十一月甲子，获妖书，言帝欲易太子，诏五城大索。十二月丙戌，召见皇太子于启祥宫，赐手敕慰谕。

三十二年春二月壬寅，阁臣请补司道郡守及遣巡方御史，不报。三月甲子，乾清宫成。乙丑，赐杨守勤等进士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚长陵明楼。六月丙戌，以陵灾，命补阙官恤刑狱。丁酉，昌平大水，坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京师大雨，坏城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文华门，疏请修举实政，降旨切责。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饥。闰月辛丑，武昌宗人蕴鉁等作乱，杀巡抚都御史赵可怀。冬十月甲寅，始叙平播州功。

是年，琉球、乌斯藏入贡。

三十三年春正月，重修京师外城。庚辰，银定、歹成犯镇番，总兵官达云击败之。夏四月辛亥，蕴鉁等伏诛。五月丙申，凤阳大风雨，毁陵殿神座。庚子，雷击圜丘望灯高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿灾。丙申，京师地震。

冬十一月辛巳，免淮阳被灾田租。十二月壬寅，诏罢天下开矿。以税务归有司，岁输所入之半于内府，半户、工二部。丙午，免河南被灾田租。乙卯，以皇长孙生，诏赦天下。开宗室科举入仕例。罢采广东珠池、云南宝井。

三十四年春二月庚戌，加上皇太后徽号。辛亥，大学士沈鲤、朱赓请补六部大僚，不报。三月己卯，云南人杀税监杨荣，焚其尸。丁酉，真定、顺德、广平、大名灾，蠲振有差。夏四月癸亥，浚朱旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延绥，官军击走之。六月癸卯，缅甸陷木邦。是月，畿内大蝗。秋七月癸未，沈一贯、沈鲤致仕。九月甲午，诏陕西严敕边备。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵颜入犯，总兵官姜显谟御却之。十二月壬子，南京妖贼刘天绪谋反，事觉伏诛。是年，安南、琉球入贡。蒙古喀尔喀诸部悉归我大清。

三十五年春正月辛未，给事中翁宪祥言，抚、按官解任宜候命，不宜听其自去，不报。二月戊戌，安南贼武德成犯云南，总兵官沐睿御却之。三月辛巳，赐黄士俊等进士及第、出身有差。夏四月戊戌，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国柱击走之。壬子，顺义王撦力克卒。五月戊子，前礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州大水。闰月辛巳，复河套诸部贡市。秋七月庚子，京师久雨。刑部请发热审疏，不报。八月丙寅，振畿内饥。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山东旱饥，蠲振有差。十一月壬子，于慎行卒。十二月，金沙江蛮阿克叛，陷武定，攻围云南，别陷嵩明、禄丰。安南贼犯钦州。是年，琉球入贡。

三十六年春正月，河南、江北饥。二月戊辰，京师地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京师地震。郴州矿贼起。八月癸亥，治云南失事诸臣罪，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿下狱，论死。庚辰，振南畿及嘉兴、湖州饥。九月甲午，四川巡抚都御史乔璧星奏擒阿克于东川，贼平。冬十一月壬子，朱赓卒。十二月戊午，再振南畿，免税粮。是年，琉球入贡。

三十七年春三月辛卯，拱兔陷大胜堡，游击于守志战于小凌河，败绩。己酉，大学士叶向高请发群臣相攻诸疏，公论是非，以肃人心，不报。夏四月，倭寇温州。秋九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖广、四川、河南、陕西、山西旱。畿内、山东、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿内、山东诸省税银三分之一振饥民。徐州贼杀如皋知县张藩。是年，日本入琉球，执其国王尚宁。哈密入贡。

三十八年春三月癸巳，赐韩敬等进士及第、出身有差。夏四月丁丑，正阳门楼灾。辛卯，以旱灾异常，谕群臣各修职业，勿彼此攻讦。辛丑，振畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥。五月，河南贼陈自管等作乱，有司讨擒之。冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以军乏饷，谕廷臣陈足国长策，不得请发内帑。是年，乌斯藏入贡。

三十九年春二月庚子，河套部敌犯甘州之红崖、青湖，官军御却之。夏四月，京师旱。戊子，怡神殿灾。丙申，设边镇常平仓。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾东林讲学诸人阴持计典，自是诸臣益相攻击。广西、广东大水。六月，自徐州北至京师大水。是夏，停热审。冬十月丁卯，户部尚书赵世卿拜疏自去。甲申，停刑。阁臣请释轻犯，不报。是年，暹罗入贡。

四十年春二月癸未，吏部尚书孙丕扬拜疏自去。三月丙午，振京师流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沈之忧。”不报。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河决徐州。九月庚戌，李廷机拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚宁遣使报归国。

四十一年春正月庚申，谕朝鲜练兵防倭。三月癸酉，赐周延儒等进士及第、出身有差。夏五月己巳，谕吏部都察院：“年来议论混淆，朝廷优容不问，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚伤国体。自今仍有结党乱政者，罪不宥。”六月乙未，卜失兔袭封顺义王。秋七月甲子，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。九月壬申，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚辰，吏部尚书赵焕拜疏自去。是年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东大水。乌斯藏入贡。

四十二年春正月乙丑，总兵官刘綎讨建昌叛蛮，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿内饥。三月丙子，福王之国。夏四月丙戌，以皇太后遗命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去。癸卯，叶向高致仕。是年，安南、土鲁番入贡。

四十三年春正月乙丑，徐州决河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，击伤守门内侍，下狱。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言张差狱情，梃击之案自是起。己巳，严皇城门禁。癸酉，召见廷臣于慈宁宫。御史刘光复下狱。甲戌，张差伏诛。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿内饥。甲戌，停刑。闰八月庚戌，重建三殿。丁巳，山东大旱，诏留税银振之。丁卯，河套诸部犯延绥，官军御之，败绩，副将孙弘谟被执。冬十月辛酉，京师地震。十一月戊寅，振京师饥民。

四十四年春三月辛未朔，日有食之。乙酉，赐钱上升等进士及第、出身有差。是春，畿内、山东、河南、淮、徐大饥，蠲振有差。夏四月戊午，河南盗起，谕有司抚剿。六月壬寅，河套诸部犯延绥，总兵官杜文焕御却之。丁卯，河决祥符朱家口，浸陈、杞、睢、柘诸州县。秋七月乙未，河套部长吉能犯高家堡，参将王国兴败没。是月，陕西旱，江西、广东水，河南、淮、扬、常、镇蝗，山东盗贼大起。冬十月丁未，停刑。十一月己巳，隆德殿灾。

四十五年春二月戊午，以去冬无雪，入春不雨，敕修省。三月辛未，镇抚司缺官，狱囚久系多死，大学士方从哲等以请，不报。乙亥，振江西饥。夏五月丙子，久旱，再谕修省。六月丙申，畿南大饥，有司请振，不报。是月，阁臣法司请热审，不报。秋七月癸亥朔，日有食之。丁卯，吴道南以忧去。是年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东灾。暹罗、乌斯藏入贡。

四十六年春二月乙巳，振广东饥。夏四月甲辰，大清兵克抚顺城，千总王命印死之。庚戌，总兵官张承胤帅师援抚顺，败没。闰月庚申，杨镐为兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月壬午，京师地震。是夏，有司请热审，不报。秋七月丙午，大清兵克清河堡，守将邹储贤、张旆死之。八月壬申，海运饷辽东。庚辰，乃蛮等七部款塞。辛巳，停刑。九月壬辰，辽师乏饷，有司请发各省税银，不报。辛亥，加天下田赋。乙卯，京师地震。冬十一月甲午，以灾异敕修省。十二月丁巳，河套部长猛克什力来降。是年，土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。

四十七年春二月乙丑，经略杨镐誓师于辽阳，总兵官李如柏、杜松、刘綎、马林分道出塞。三月甲早，杜松遇大清兵于吉林崖，战死。乙酉，马林兵败于飞芬山，兵备佥事潘宗颜战死。庚寅，刘綎兵深入阿布达里冈，战死。辛丑，赐庄际昌等进士及第、出身有差。夏四月癸酉，盔甲厂灾。六月丁卯，大清兵克开原，马林败没。癸酉，大理寺丞熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。甲戌，廷臣伏文华门，请发章奏及增兵发饷，不报。秋八月乙卯，山东蝗。癸亥，逮杨镐。九月庚辰，停刑。戊子，百官伏阙，请视朝行政，不报。冬十月丁巳，振京师饥民。十二月，再加天下田赋。辛未，镇江、宽奠、叆阳新募援兵溃。是年，暹罗入贡。

四十八年春正月庚子，朝鲜乞援。三月庚寅，复加天下田赋。夏四月癸丑，皇后王氏崩。戊午，帝不豫，召见方从哲于弘德殿。秋七月壬辰，大渐，召英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游于弘德殿，勉诸臣勤职。丙申，崩，年五十有八。遗诏罢一切榷税并新增织造诸项。九月甲申，上尊谥，庙号神宗，葬定陵。

◎光宗

光宗崇天契道英睿恭纯宪文景武渊仁懿孝贞皇帝，讳常洛，神宗长子也。母恭妃王氏。万历十年八月生。神宗御殿受贺，告祭郊庙社稷，颁诏天下，上两宫徽号。未几，郑贵妃生子常洵，有宠。储位久不定，廷臣交章固请，皆不听。二十九年十月，乃立为皇太子。

三十一年，获妖书，言神宗欲易太子，指斥郑贵妃。神宗怒。捕逮株连者甚众，最后得皦生光者，磔之。狱乃解。四十一年六月，奸人王曰乾上变，告孔学等为巫蛊，将谋不利于东宫，语连郑贵妃、福王，事具《叶向高传》。四十三年夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，事复连贵妃内珰。太子请以属吏。狱具，戮差于市，毙内珰二人于禁中。自是遂有“梃击”之案。

四十八年七月，神宗崩。丁酉，太子遵遗诏发帑金百万犒边。尽罢天下矿税，起建言得罪诸臣。己亥，再发帑金百万充边赏。八月丙午朔，即皇帝位。大赦天下，以明年为泰昌元年。蠲直省被灾租赋。己酉，吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈飗为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。辽东大旱。庚申，兰州黄河清，凡三日。甲子，礼部侍郎何宗彦、刘一燝、韩爌为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。乙丑，南京礼部尚书朱国祚为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。召叶向高。遣使恤刑。丙寅，帝不豫。戊辰，召对英国公张惟贤、大学士方从哲等十有三人于乾清宫，命皇长子出见。甲戌，大渐，复召从哲等受顾命。是日，鸿胪寺官李可灼进红丸。九月乙亥朔，崩于乾清宫，在位一月，年三十有九。熹宗即位，从廷臣议，改万历四十八年八月后为泰昌元年。冬十月，上尊谥，庙号光宗，葬庆陵。

赞曰：神宗冲龄践阼，江陵秉政，综核名实，国势几于富强。继乃因循牵制，晏处深宫，纲纪废弛，君臣否隔。于是小人好权趋利者驰骛追逐，与名节之士为仇雠，门户纷然角立。驯至悊、愍，邪党滋蔓。在廷正类无深识远虑以折其机牙，而不胜忿激，交相攻讦。以致人主蓄疑，贤奸杂用，溃败决裂，不可振救。故论者谓明之亡，实亡于神宗，岂不谅欤。光宗潜德久彰，海内属望，而嗣服一月，天不假年，措施未展，三案构争，党祸益炽，可哀也夫！

◎神宗二
神宗二

二十五年春正月丙辰，朝鲜使来请援。二月丙寅，复议征倭。丙子，前都督同知麻贵为备倭总兵官，统南北诸军。三月乙巳，山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务。己未，兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。夏六月戊寅，皇极、中极、建极三殿灾。癸未，罢修国史。秋七月癸巳，诫谕群臣。丁酉，诏赦天下。是月，杨应龙叛，掠合江、綦江。八月丁丑，倭破朝鲜闲山，遂薄南原，副总兵杨元弃城走，倭逼王京。甲申，京师地震。九月壬辰，逮前兵部尚书石星下狱，论死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款关请罪，诏授安南都统使。是年，琉球入贡。
万历二十五年(1597)春正月二十六日，朝鲜使者请求救援。二月初五，再次商议讨伐倭寇。十五日，原都督同知麻贵担任防倭总兵官，统率南北各路兵马。三月十五日，山东右参政杨镐担任佥都御史，经略朝鲜军务。三十日，兵部侍郎邢..担任尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略防倭事宜。夏六月十九日，皇极、中极、建极三殿发生火灾。二十四日，终止编修国史。秋七月初四，诫谕群臣。初八，诏令大赦天下。当月，杨应龙反叛，攻占合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鲜闲山，于是逼近南原，副总兵杨元弃城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京师地震。九月初四，逮捕原兵部尚书石星，将其投进监狱，判为死罪。冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，并前来请罪，诏令授予其安南都统使。

二十六年春正月，官军攻倭于蔚山，不克，杨镐、麻贵奔王京。三月癸卯，赐赵秉忠等进士及第、出身有差。壬子，群臣诣文华门疏请皇长子冠婚，不允。夏四月丁卯，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。壬申，京师旱，敕修省。六月丁巳，杨镐罢。戊午，中官李敬采珠广东。丙寅，张位罢。丙子，巡抚天津佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月丙戌，中官鲁保鬻两淮余盐。八月丁丑，京师地震。九月壬辰，免浙江被灾田租。冬十月乙卯，总兵官刘綎、麻贵分道击倭，败之。董一元攻倭新寨，败绩。十一月戊戌，倭弃蔚山遁，官军分道进击。十二月，总兵官陈璘破倭于乙山，朝鲜平。是年，乌斯藏入贡。
万历二十六年(1598)春正月，官军攻击蔚山倭寇，未克，杨镐、麻贵逃奔王京。三月十八日，赐赵秉忠等人以进士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文华门疏请皇长子成年完婚，未得允许。夏四月十三日，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。十八日，京师大旱，朱翊钧令群臣修身反省。六月初四，杨镐被免职。初五，中官李敬在广东开采珍珠。十三日，张位被免职。二十三日，巡抚天津的佥都御史万世德经略朝鲜。秋七月初三，中官鲁保专卖两淮的余盐。八月二十四日，京师地震。九月初十，免除浙江遭灾地区的田租。冬十月初三，总兵官刘纟廷、麻贵分兵攻击倭寇，将其击败。董一元攻击新寨倭寇，战败。十一月十七日，倭兵放弃蔚山逃遁，官军分兵追击。十二月，总兵官陈瞞在乙山打败倭寇，于是朝鲜被平定。这一年，有乌斯藏前来朝贡。

二十七年春二月壬子，分遣中官领浙江、福建、广东市舶司。是月，贵州巡抚江东之遣兵讨杨应龙，败绩。三月己亥，前兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨杨应龙。夏四月甲戌，御午门，受倭俘。是月，临清民变，焚税使马堂暑，杀其参随三十四人。闰月丙戌，以倭平，诏天下，除东征加派田赋。己丑，久旱，敕修省。丙申，以诸皇子婚，诏取太仓银二千四百万两。户部告匮，命严核天下积储。六月己亥，杨应龙陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月甲午，陕西狄道县山崩。九月，土蛮犯锦州。
万历二十七年(1599)春二月初二，分别派中官统领浙江、福建、广东市舶司。当月，贵州巡抚江东之派兵讨伐杨应龙。战败。三月二十日，原兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨伐杨应龙。夏四月二十五日，朱翊钧驾临午门，接受倭寇俘虏。当月，临清百姓叛乱，焚烧税使马堂官署，杀其随从三十四人。闰月初八，诏示天下倭寇被平定，免除加派的东征赋税。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子结婚而令从太仓取银二千四百万两。户部匮乏，令从严核实各地积蓄储备。六月二十三日，杨应龙攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。秋八月十八日，陕西狄道县发生山崩。九月，土蛮进犯锦州。冬十月初六，赈济京城饥民。初十，由于播州用兵，加派四川、湖广地区的田赋。十二日，贵州宣慰使安疆臣犯罪，诏令他讨伐贼寇以赎罪。十一月初四，免除河南受灾地区的田租。二十八日，赈济畿辅及凤阳等地饥荒。十二月初二，武昌、汉阳百姓叛乱，打伤税使陈奉。十三日，赈济京师流民。这一年，琉球前来朝贡。

冬十月壬午，振京城饥民。丙戌，以播州用兵，加四川、湖广田赋。戊子，贵州宣慰使安疆臣有罪，诏讨贼自赎。十一月己酉，免河南被灾田租。癸酉，振畿辅及凤阳等处饥。十二月丁丑，武昌、汉阳民变，击伤税使陈奉。戊子，振京师就食流民。是年，琉球入贡。
万历二十八年(1600)春二月初四，京师地震。十二日，李化龙率师分八路进军讨伐播州。夏六月初六，攻克海龙囤，杨应龙自缢而死，播州平定。秋七月初十，天大旱，朱翊钧又令群臣修身反省。八月初一，建成慈庆宫。初六，撤除朝鲜守兵。九月十四日，中止行刑。同年秋天，炒花进犯辽东，副总兵解生等人战败死去。冬十月初一，贵州皮林苗叛乱，总兵官陈瞞率兵讨伐。初六，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月二十六日，朱翊钧驾临午门，察看播州战俘。这一年，两畿各省灾伤频繁，民饥盗起，内外群臣上奏请求将矿税监官免职，朱翊钧全不采纳。大西洋人利玛窦进献地方特产。

二十八年春二月戊寅，京师地震。丙戌，李化龙帅师分八路进讨播州。夏六月丁丑，克海龙囤，杨应龙自缢死，播州平。秋七月辛亥，旱，敕修省。八月辛未，慈庆宫成。丙子，罢朝鲜戍兵。九月甲寅，停刑。是秋，炒花犯辽东，副总兵解生等败没。冬十月辛未，贵州皮林苗叛，总兵官陈璘讨之。丙子，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月乙未，御午门，受播州俘。是年，两畿各省灾伤，民饥盗起，内外群臣交章请罢矿税诸监，皆不听。大西洋利玛窦进方物。
万历二十九年(1601)春正月十三日，诏告天下：由于平定了播州，免除四川、贵州、湖广、云南加派的田租赋税，同时免除官民牵连之罪。当月，皮林苗贼被平定。二月初五，赈济大同、宣府饥荒。三月十七日，赐封张以诚等人以进士及第和其他不同的出身。当月，武昌发生民变，杀掉税监陈奉随从六人，焚毁巡抚公署。夏四月十八日，召回陈奉，派守备承天的中官杜茂替代。五月，苏州民变，杀掉织造中官孙隆随从数人。六月，京师已一年未降雨，直到当月初九才开始下雨。山东、山西、河南普遍大旱。二十二日，法官奏请热审，朱翊钧未予答复。这年夏天，赈济畿内饥荒。秋九月初八，黄河在开封、归德决堤。十三日，赵志皋死去。十九日，赈济贵州饥荒。二十四日，原礼部尚书沈鲤、朱赓同时兼任东阁大学士，参与机要事务。冬十月十五日，册立皇长子朱常洛为皇太子，册封其他各位皇子常洵为福王、常浩为瑞王、常润为惠王、常瀛为桂王。并下诏大赦天下。二十八日，加上慈圣皇太后尊号。十二月初八，诏令恢复朵颜马市。

二十九年春正月壬子，以播州平，诏天下，蠲四川、贵州、湖广、云南加派田租逋赋，除官民诖误罪。是月，皮林苗贼平。二月甲戌，振大同、宣府饥。三月乙卯，赐张以诚等进士及第、出身有差。是月，武昌民变，杀税监陈奉参随六人，焚巡抚公署。夏四月乙酉，征陈奉还，以守备承天中官杜茂代之。五月，苏州民变，杀织造中官孙隆参随数人。六月，京师自去年六月不雨，至是月乙亥始雨。山东、山西、河南皆大旱。丁亥，法司请热审，不报。是夏，振畿内饥。秋九月壬寅，河决开封、归德。丁未，赵志皋卒。癸丑，振贵州饥。戊午，前礼部尚书沈鲤、朱赓并兼东阁大学士，预机务。冬十月己卯，立皇长子常洛为皇太子，封诸子常洵福王，常浩瑞王，常润惠王，常瀛桂王。诏赦天下。壬辰，加上慈圣皇太后尊号。十二月辛未，诏复朵颜马市。是年，琉球入贡。
万历三十年(1602)春正月二十六日，以四方灾害频繁为由令群臣修身反省。二月十六日，朱翊钧身体不适，召大学士沈一贯至启祥宫，诏谕免除矿税，停止织造，释放囚犯，恢复进谏的各位大臣职务。次日，病愈，搁置前诏。二十一日，重建乾清、坤宁二宫。闰月初三，恢复河套各部贡市。十五日，河州黄河干涸。三月二十二日，腾越民变，杀掉税监所委派的官员。夏四月初十，赈济顺天、永平饥荒。五月十四日，法官奏请热审，未允许。秋七月二十二日，边饷匮乏，命从严从快催交拖欠赋税。当月，缅贼攻陷蛮莫宣抚司，宣抚司思正跑回腾越，贼兵追至，官吏杀掉思正进献贼兵，才得解围。冬十月初十，赈济江北灾害。二十八日，中止行刑。这一年有琉球、哈密前来朝贡。

三十年春正月己未，以四方灾异敕修省。二月己卯，不豫，召大学士沈一贯于启祥宫，命罢矿税，停织造，释逮击，复建言诸臣职。翼日，疾瘳，寝前诏。甲申，重建乾清、坤宁宫。闰月丙申，复河套诸部贡市。戊午，河州黄河竭。三月甲申，腾越民变，杀税监委官。夏四月辛丑，振顺天、永平饥。五月乙亥，法司请热审，不报。秋七月辛巳，边饷缺，命严催积逋。是月，缅贼陷蛮莫宣抚司，宣抚思正奔腾越，贼追至，有司杀正以谢贼，始解。冬十月戊戌，振江北灾。丙辰，停刑。是年，琉球、哈密入贡。
万历三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守阙员，没作答复。当月，播州余贼吴洪等人作乱，有关官吏讨伐并予以平定。夏四月初一，日食。五月初一，阁臣奏请热审，未予回复。二十三日，京师地震。凤阳天降大雨和冰雹，砸毁皇陵殿脊梁。当年夏天，黄河在苏家庄决堤，淹没江北丰、沛、鱼台、单县。秋九月十一日，江北发生盗贼。冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州贼杨思敬作乱，被有司讨伐擒获。十一月十二日，得到一本妖书，传说皇帝要改立太子，诏令到处严加搜索。十二月初五，朱翊钧召见皇太子于启祥宫，赐给皇太子手令给予安慰。

三十一年春三月戊午，吏部奏天下郡守阙员，不报。是月，播州余贼吴洪等作乱，有司讨平之。夏四月丁亥朔，日有食之。五月丙辰，阁臣请热审，不报。戊寅，京师地震。凤阳大雨雹，毁皇陵殿脊。是夏，河决苏家庄，北浸丰、沛、鱼台、单县。秋九月甲子，江北盗起。冬十月甲申，停刑。丙申，睢州贼杨思敬作乱，有司讨擒之。十一月甲子，获妖书，言帝欲易太子，诏五城大索。十二月丙戌，召见皇太子于启祥宫，赐手敕慰谕。
万历三十二年(1604)春二月二十一日，阁臣奏请补充司、道、郡、守及派遣巡视各地的御史，未予答复。三月十四日，建成乾清宫。十五日，赐封杨守勤等人以进士及第和其他不同的出身。夏四月初一，日食。当月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚烧了长陵明楼。六月初七，以长陵发生灾害为由，命补阙官抚恤带刑在狱囚犯。二十日，昌平发生水灾，毁坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月初一，京师大雨，毁坏一些城墙。十二日，赈济遭受水灾之居民。八月二十三日，群臣跪伏文华门，上疏请求提倡修举实政，降旨督促。二十八日，完成黄河分水工程。九月初一，赈济畿南六府饥荒。闰月二十四日，武昌宗人蕴轸等人作乱，杀掉巡抚都御史赵可怀。冬十月初八，开始对平定播州的官兵论功。这一年有琉球、乌斯藏前来朝贡。

三十二年春二月壬寅，阁臣请补司道郡守及遣巡方御史，不报。三月甲子，乾清宫成。乙丑，赐杨守勤等进士及第、出身有差。夏四月辛巳朔，日有食之。是月，浚泇河工成。五月癸酉，雷火焚长陵明楼。六月丙戌，以陵灾，命补阙官恤刑狱。丁酉，昌平大水，坏长、泰、康、昭四陵石梁。秋七月庚戌，京师大雨，坏城垣。辛酉，振被水居民。八月辛丑，群臣伏文华门，疏请修举实政，降旨切责。丙午，分水河工成。九月戊申，振畿南六府饥。闰月辛丑，武昌宗人蕴鉁等作乱，杀巡抚都御史赵可怀。冬十月甲寅，始叙平播州功。
万历三十三年(1605)春正月，重新修复京师外城。初五，银定、歹成进犯镇番，总兵官达云将其击败。夏四月初七，蕴轸等被杀。五月二十四日，凤阳遭受大风大雨，毁坏陵殿神座。二十八日，雷击圜丘望灯高杆。六月初二，以雷击为由令群臣修身反省。秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿发生火灾。二十六日，京师地震。冬十一月十一日，免除淮阳遭灾地区的田租。十二月初二，诏令天下各地停止开矿。又将税务事宜交还有司，将每年收入的一半交至内府，另一半交至户、工二部。初六，免去河南遭灾地区的田租。十五日，以皇长孙出生为由而诏令大赦天下。开宗室科举入仕之先例。停止开采广东珠池和云南宝井。

是年，琉球、乌斯藏入贡。
万历三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太后徽号。十二日，大学士沈鲤、朱赓奏请皇帝补齐六部主要官员，未得到答复。三月十一日，云南百姓杀死税监杨荣，焚烧其尸体。三十日，真定、顺德、广平、大名等地遭灾，朝廷分别给予减免赋税和赈济。夏四月二十五日，完成朱旺口黄河疏通工程。五月初六，河套部进犯延绥，官军将其击溃。六月初六，缅甸攻陷木邦。同月，畿内蝗灾大起。秋七月十六日，沈一贯、沈鲤辞官。九月二十九日，朱翊钧要陕西边防严加防患。冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵颜来犯，总兵官姜显谟领兵将敌击退。十二月十八日，南京妖贼刘天绪谋反，事情败露伏诛。这一年，有安南、琉球前来朝贡。蒙古喀尔喀各部归顺大清。

三十三年春正月，重修京师外城。庚辰，银定、歹成犯镇番，总兵官达云击败之。夏四月辛亥，蕴鉁等伏诛。五月丙申，凤阳大风雨，毁陵殿神座。庚子，雷击圜丘望灯高杆。六月乙巳，以雷警，敕修省。秋八月己巳，停刑。九月甲午，昭和殿灾。丙申，京师地震。
万历三十五年(1607)春正月初七，给事中翁宪祥进言：抚、按官员解任后应该随时候命，不应听其自流。未得到批复。二月初五，安南贼人武德成进犯云南，总兵官沐睿又将敌击退。三月十八日，赐封黄士俊等人为进士及第以及其他不同的出身。夏四月初六，银定、歹成进犯凉州，副总兵柴国柱将其击退。二十日，顺义王扌奢力克死去。五月二十七日，原礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高一同担任礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州发生水灾。闰月二十日，恢复河套各部的贡市。秋七月初十，京师连年阴雨。刑部奏请皇帝批发关于热审的奏章，未予答复。八月初六，赈济畿内饥荒。九月初四，中止行刑。冬十月十四日，山东大旱，饥荒严重，朝廷分别给予赈济。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蛮阿克反叛，攻陷武定，围攻云南，攻占嵩明、禄丰。安南贼兵进犯钦州。这一年，琉球前来朝贡。

冬十一月辛巳，免淮阳被灾田租。十二月壬寅，诏罢天下开矿。以税务归有司，岁输所入之半于内府，半户、工二部。丙午，免河南被灾田租。乙卯，以皇长孙生，诏赦天下。开宗室科举入仕例。罢采广东珠池、云南宝井。
万历三十六年(1608)春正月，河南、江北发生饥荒。二月十一日，京师地震。夏六月二十五日，南畿发生大水。秋七月十三日，京师地震。郴州矿贼大起。八月初九，惩治云南失事有罪之臣，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿又被逮捕入狱，论为死罪。二十七日，赈南畿和嘉兴、湖州饥荒。九月初十，四川巡抚都御史乔璧星在东川擒获阿克，贼寇被平定。冬十一月三十日，朱赓死去。十二月初五，再次赈济南畿，免除其税粮。这一年，有琉球前来朝贡。

三十四年春二月庚戌，加上皇太后徽号。辛亥，大学士沈鲤、朱赓请补六部大僚，不报。三月己卯，云南人杀税监杨荣，焚其尸。丁酉，真定、顺德、广平、大名灾，蠲振有差。夏四月癸亥，浚朱旺口河工成。五月癸酉，河套部犯延绥，官军击走之。六月癸卯，缅甸陷木邦。是月，畿内大蝗。秋七月癸未，沈一贯、沈鲤致仕。九月甲午，诏陕西严敕边备。冬十月丙申，停刑。十一月己巳，朵颜入犯，总兵官姜显谟御却之。十二月壬子，南京妖贼刘天绪谋反，事觉伏诛。是年，安南、琉球入贡。蒙古喀尔喀诸部悉归我大清。
万历三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大胜堡，游击于守志在小凌河被战败。二十九日，大学士叶向高奏请皇帝公布群臣互相攻击的奏文，以论断是非、整肃人心，未予答复。夏四月，倭贼侵犯温州。秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自离去。二十九日，中止行刑。当年秋季，福建、浙江、江西发生大水灾。湖广、四川、河南、陕西、山西大旱，畿内、山东、徐州大闹蝗灾。冬十二月二十二日，朝廷将畿内、山东诸省所收税收的三分之一用作赈济饥民费用。这一年，日本侵入琉球，抓住其国王尚宁。哈密入朝进贡。

三十五年春正月辛未，给事中翁宪祥言，抚、按官解任宜候命，不宜听其自去，不报。二月戊戌，安南贼武德成犯云南，总兵官沐睿御却之。三月辛巳，赐黄士俊等进士及第、出身有差。夏四月戊戌，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国柱击走之。壬子，顺义王撦力克卒。五月戊子，前礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州大水。闰月辛巳，复河套诸部贡市。秋七月庚子，京师久雨。刑部请发热审疏，不报。八月丙寅，振畿内饥。九月甲午，停刑。冬十月癸酉，山东旱饥，蠲振有差。十一月壬子，于慎行卒。十二月，金沙江蛮阿克叛，陷武定，攻围云南，别陷嵩明、禄丰。安南贼犯钦州。是年，琉球入贡。
万历三十八年(1610)春三月十七日，赐封韩敬等人为进士及第以及其他不同的出身。夏四月初二，正阳门楼遭火灾。十六日，以旱灾异常为由，要群臣完成自己份内职责，不准互相攻击。二十六日，赈济畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥民。五月，河南贼人陈自管等人作乱，被官吏擒获。

三十六年春正月，河南、江北饥。二月戊辰，京师地震。夏六月己卯，南畿大水。秋七月丁酉，京师地震。郴州矿贼起。八月癸亥，治云南失事诸臣罪，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿下狱，论死。庚辰，振南畿及嘉兴、湖州饥。九月甲午，四川巡抚都御史乔璧星奏擒阿克于东川，贼平。冬十一月壬子，朱赓卒。十二月戊午，再振南畿，免税粮。是年，琉球入贡。
冬十月辛丑日，中止行刑。十一月初一，有日食。二十七日，以缺乏军饷为由，要廷臣陈述充仓足库之策，而且不得从宫内拨出金帛。这一年，乌斯藏入朝进贡。

三十七年春三月辛卯，拱兔陷大胜堡，游击于守志战于小凌河，败绩。己酉，大学士叶向高请发群臣相攻诸疏，公论是非，以肃人心，不报。夏四月，倭寇温州。秋九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。丁未，停刑。是秋，福建、浙江、江西大水。湖广、四川、河南、陕西、山西旱。畿内、山东、徐州蝗。冬十二月己巳，留畿内、山东诸省税银三分之一振饥民。徐州贼杀如皋知县张藩。是年，日本入琉球，执其国王尚宁。哈密入贡。
万历三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敌军进犯甘州的红崖、青湖，被官军击退。夏四月，京师大旱。十九日，怡神殿发生火灾。二十七日，设置边镇常平仓。五月初三，御史徐兆魁上奏皇帝，指责东林讲学诸人暗中支持制定不同的礼典、制度，致使诸臣互相攻击。广西、广东发生大水灾。六月，从徐州到北京普遍发生大水灾。当年夏天，停止热审。冬十月初一，户部尚书赵世卿上书离去。十八日，中止行刑。内阁大臣请求释放轻罪犯人，未予答复。这一年，暹罗前来朝贡。

三十八年春三月癸巳，赐韩敬等进士及第、出身有差。夏四月丁丑，正阳门楼灾。辛卯，以旱灾异常，谕群臣各修职业，勿彼此攻讦。辛丑，振畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥。五月，河南贼陈自管等作乱，有司讨擒之。冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以军乏饷，谕廷臣陈足国长策，不得请发内帑。是年，乌斯藏入贡。
万历四十年(1612)春二月十九日，吏部尚书孙丕扬上书自去官职回乡。三月十二日，赈济京师流民。夏四月初二，南京各道御史进言：“官衙空缺，各方面事务废堕，皇上深居宫中二十余年，未接见过大臣，天下将有失去的危险。”仍然未予答复。五月初一，日食。秋八月，黄河在徐州决口。九月十九日，李廷机自动离职。冬十月二十四日，中止行刑。这一年，琉球中山王尚宁派人奏请归附。

三十九年春二月庚子，河套部敌犯甘州之红崖、青湖，官军御却之。夏四月，京师旱。戊子，怡神殿灾。丙申，设边镇常平仓。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾东林讲学诸人阴持计典，自是诸臣益相攻击。广西、广东大水。六月，自徐州北至京师大水。是夏，停热审。冬十月丁卯，户部尚书赵世卿拜疏自去。甲申，停刑。阁臣请释轻犯，不报。是年，暹罗入贡。
万历四十一年(1613)春正月初二，诏谕朝鲜练兵以防止倭寇。三月十五日，赐封周延儒等人为进士及第以及其他不同出身。夏五月十二日，朱翊钧诏谕吏部都察院“：几年来议论纷纷，混淆视听，朝廷宽容不予追查，致使攻击诬陷愈来愈甚，朝廷大臣犹疑畏惧，都想辞官回乡，严重损害了国体。自今以后，仍有结党乱政者，定罪绝不饶恕。”六月初八，卜失兔世袭顺义王封号。秋七月初八，兵部尚书掌管都察院事务的孙玮辞职回乡。九月十七日，吏部左侍郎方从哲、原吏部左侍郎吴道南和礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。二十五日，吏部尚书赵焕自动离职。当年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东发生水灾。乌斯藏前来朝贡。

四十年春二月癸未，吏部尚书孙丕扬拜疏自去。三月丙午，振京师流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沈之忧。”不报。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河决徐州。九月庚戌，李廷机拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚宁遣使报归国。
万历四十二年(1614)春正月十二日，总兵官刘纟廷率兵讨伐建昌叛蛮，将其平定。二月初九，慈圣皇太后驾崩。二十七日，赈济畿内饥荒。三月二十四日，福王来到都城。夏四月初四，以皇太后遗命为由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。秋八月十四日，礼部右侍郎孙慎行上疏自动去职。二十三日，叶向高辞官。这一年有安南、土鲁番前来朝贡。

四十一年春正月庚申，谕朝鲜练兵防倭。三月癸酉，赐周延儒等进士及第、出身有差。夏五月己巳，谕吏部都察院：“年来议论混淆，朝廷优容不问，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚伤国体。自今仍有结党乱政者，罪不宥。”六月乙未，卜失兔袭封顺义王。秋七月甲子，兵部尚书掌都察院事孙玮拜疏自去。九月壬申，吏部左侍郎方从哲、前吏部左侍郎吴道南并礼部尚书兼东阁大学士，预机务。庚辰，吏部尚书赵焕拜疏自去。是年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东大水。乌斯藏入贡。
万历四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黄河决口的筑堤工程。三月初一，有日食。夏五月初四，蓟州一男子张差手持木棒闯入慈庆宫，打伤守门的侍卫，被抓进监狱。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情况，这就是后来所说的木廷击案。二十五日，对皇城门禁严加戒备。二十九日，在慈庆宫召见廷臣。御史刘光复被抓进监狱。三十日，张差伏诛。六月初三，由于久旱不雨，朱翊钧命群臣修身反省。秋七月初四，赈济畿内饥荒。二十九日，中止行刑。闰八月初六，重建三殿。十三日，山东大旱，朱翊钧下诏将税银留下进行赈济。二十三日，河套诸部进犯延绥，官军战败，副将孙弘谟被抓获。冬十月十八日，京师地震。十一月初六，赈济京师饥民。

四十二年春正月乙丑，总兵官刘綎讨建昌叛蛮，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿内饥。三月丙子，福王之国。夏四月丙戌，以皇太后遗命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，礼部右侍郎孙慎行拜疏自去。癸卯，叶向高致仕。是年，安南、土鲁番入贡。
万历四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，赐封钱士升等人进士及第以及其他不同出身。当年春天，畿内、山东、河南、淮、徐发生大饥荒，朝廷分别给以赈济和减免田赋。夏四月十九日，河南出现盗贼，朝廷命官吏进行安抚和围剿。六月初三，河套各部落进犯延绥，总兵官杜文焕将其击退。二十九日，黄河在祥符朱家口决堤，淹没陈、杞、睢、柘各州县。秋七月二十八日，河套部落首领吉能率兵进犯高家堡，参将王国兴战败。当月，陕西大旱，江西、广东发生水灾，河南、淮、扬、常、镇大闹蝗灾，山东盗贼大起。冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿发生火灾。

四十三年春正月乙丑，徐州决河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，击伤守门内侍，下狱。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言张差狱情，梃击之案自是起。己巳，严皇城门禁。癸酉，召见廷臣于慈宁宫。御史刘光复下狱。甲戌，张差伏诛。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿内饥。甲戌，停刑。闰八月庚戌，重建三殿。丁巳，山东大旱，诏留税银振之。丁卯，河套诸部犯延绥，官军御之，败绩，副将孙弘谟被执。冬十月辛酉，京师地震。十一月戊寅，振京师饥民。
万历四十五年(1617)春二月二十三日，由于前一年冬季无雪，入春以后又没有下雨，朱翊钧要群臣修身反省。三月初六，镇抚司缺乏官吏，狱中很多囚犯因关押太久而死亡，大学士方从哲据此上奏，未得到答复。初十，赈济江西饥荒。夏五月十三日，久旱不雨，朱翊钧又命群臣修身反省。六月初三，畿南大闹饥荒，当地官吏请求赈济，未得到及时答复。当月，阁臣法官奏请热审，未得答复。秋七月初一，日食。初五，吴道南因丁服父母丧事离职。这一年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东遭灾。暹罗、乌斯藏曾来朝进贡。

四十四年春三月辛未朔，日有食之。乙酉，赐钱上升等进士及第、出身有差。是春，畿内、山东、河南、淮、徐大饥，蠲振有差。夏四月戊午，河南盗起，谕有司抚剿。六月壬寅，河套诸部犯延绥，总兵官杜文焕御却之。丁卯，河决祥符朱家口，浸陈、杞、睢、柘诸州县。秋七月乙未，河套部长吉能犯高家堡，参将王国兴败没。是月，陕西旱，江西、广东水，河南、淮、扬、常、镇蝗，山东盗贼大起。冬十月丁未，停刑。十一月己巳，隆德殿灾。
万历四十六年(1618)春二月十五日，赈济广东饥荒。夏四月十五日，大清军队攻克抚顺，千总王命印战死。二十日，总兵官张承胤领兵救援抚顺，也全军覆没。闰月初二，杨镐担任兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月二十六日，京师地震。这年夏天，官吏奏请热审，未得到答复。秋七月二十日，大清军队攻占清河堡，守将邹储贤、张旆战死。八月十六日，朝廷将军饷海运到辽东。二十四日，乃蛮等七部落请求与朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守辽军队缺乏粮饷，有关官员奏请拨用各省税银，未得到及时答复。二十六日，加派天下田赋。三十日，京师发生地震。冬十一月初九，因灾异频繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首领猛克什力前来投降。这一年有土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。

四十五年春二月戊午，以去冬无雪，入春不雨，敕修省。三月辛未，镇抚司缺官，狱囚久系多死，大学士方从哲等以请，不报。乙亥，振江西饥。夏五月丙子，久旱，再谕修省。六月丙申，畿南大饥，有司请振，不报。是月，阁臣法司请热审，不报。秋七月癸亥朔，日有食之。丁卯，吴道南以忧去。是年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东灾。暹罗、乌斯藏入贡。
万历四十七年(1619)春二月十一日，经略杨镐在辽阳誓师，总兵官李如柏、杜松、刘纟廷、马林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清军队，战死。初二，马林在飞芬山战败，兵备佥事潘宗颜战死。初七，刘纟廷率军深入阿布达里冈，战死。十八日，赐庄际昌等人为进士及第以及其他不同出身。夏四月二十日，盔甲厂发生火灾。六月十六日，大清军队攻克开原，马林全军覆没。二十二日，大理寺丞熊廷弼担任兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。二十三日，朝廷大臣聚于文华门，奏请皇帝批复奏章以及增派援军和分发粮饷，未得到答复。秋八月初五，山东蝗灾。十三日，逮捕杨镐。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏于宫殿阶下，奏请朱翊钧上朝处理政事，未得到答复。冬十月初八，赈济京师饥民。十二月，又加派全国田租赋税。二十二日，镇江、宽奠、云爰阳新募援兵被击溃。这一年有暹罗前来朝贡。

四十六年春二月乙巳，振广东饥。夏四月甲辰，大清兵克抚顺城，千总王命印死之。庚戌，总兵官张承胤帅师援抚顺，败没。闰月庚申，杨镐为兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月壬午，京师地震。是夏，有司请热审，不报。秋七月丙午，大清兵克清河堡，守将邹储贤、张旆死之。八月壬申，海运饷辽东。庚辰，乃蛮等七部款塞。辛巳，停刑。九月壬辰，辽师乏饷，有司请发各省税银，不报。辛亥，加天下田赋。乙卯，京师地震。冬十一月甲午，以灾异敕修省。十二月丁巳，河套部长猛克什力来降。是年，土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
万历四十八年(1620)春正月二十一日，朝鲜请求救援。三月十二日，再次加派全国田租赋税。夏四月初六，皇后王氏死去。十一日，朱翊钧病发，在弘德殿召见方从哲。秋七月十七日，朱翊钧病情加重，在弘德殿召见英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游，勉励各位大臣勤政敬职。二十一日，死去，时年五十八岁。遗诏停止一切榷税和新增织造等。九月初十，追加尊敬谥号，庙号神宗，安葬于定陵。

四十七年春二月乙丑，经略杨镐誓师于辽阳，总兵官李如柏、杜松、刘綎、马林分道出塞。三月甲早，杜松遇大清兵于吉林崖，战死。乙酉，马林兵败于飞芬山，兵备佥事潘宗颜战死。庚寅，刘綎兵深入阿布达里冈，战死。辛丑，赐庄际昌等进士及第、出身有差。夏四月癸酉，盔甲厂灾。六月丁卯，大清兵克开原，马林败没。癸酉，大理寺丞熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。甲戌，廷臣伏文华门，请发章奏及增兵发饷，不报。秋八月乙卯，山东蝗。癸亥，逮杨镐。九月庚辰，停刑。戊子，百官伏阙，请视朝行政，不报。冬十月丁巳，振京师饥民。十二月，再加天下田赋。辛未，镇江、宽奠、叆阳新募援兵溃。是年，暹罗入贡。